畜禽场中潜在的病原体十分复杂，有细菌、病毒、芽孢、霉菌和原虫卵等，范围十分广泛，对消毒剂的选择也很麻烦。市售消毒剂都标称“广谱型”，是否广谱应从它的主要作用成分去判断，卤素、酚类、醛类及氧化剂，消毒效果较好，对各类病毒、芽孢及霉菌均有效。由于病毒分为亲脂性病毒及亲水性病毒，在选择消毒剂时应区别对待，亲脂性病毒为具有脂质外膜的病毒，对常用的大多数消毒剂敏感，都能被抑制或杀死。亲水性病毒为不具外膜的裸露病毒(如呼肠孤病毒、传染性法氏囊病病毒、细小病毒及肠病毒等)，对消毒剂都具抵抗性，有些消毒剂就不能杀灭它们，一些畜禽养殖场经常使用表面消毒剂进行消毒，结果亲水性病毒没被杀灭，造成畜禽养殖的安全受到威胁。