1.肾毒性  主要损害近曲小管上皮细胞，出现蛋白尿、管型尿、血尿，严重时出现肾功能减退，其损害程度与剂量大小及疗程长短成正比。由于氨基糖苷类主要从尿中排出，为避免药物积累，损害肾小管，应给患畜足量饮水，肾脏损害常使血药浓度增高，易诱发耳毒性症状。

    2.耳毒性  可表现前庭功能失调及耳蜗神经损害。两者可同时发生，亦可出现其中的一种反应。但前者多见于链霉素、庆大霉素等，而后者多见于新霉素、卡那霉素、阿米卡星等。耳毒性的发生机制尚未完全阐明，多认为与内耳淋巴液中药物浓度持久升高，损害内耳柯蒂器的毛细胞有关。早期的变化可逆，超过一定程度则变化不可逆。猫对氨基糖苷类的前庭效应极为敏感。由于氨基糖苷类能透过胎盘，进入胎儿体内，故孕畜注射本类药物可能引起新生畜的听觉受损或产生肾毒性。对某些需有敏锐听觉的犬应慎用。

    3.神经肌肉阻滞  本类药物可抑制乙酰胆碱的释放，并与Ca²⁺络合，促进神经肌肉接头的阻滞作用，其症状为心肌抑制和呼吸衰竭，以新霉素、链霉素和卡那霉素较多发生，可静脉注射新斯的明和钙制剂来缓解症状。

    4.内服可能损害肠壁绒毛器官而影响肠道对脂肪、蛋白质、糖、铁等的吸收。亦可引起肠道菌群失调，发生厌氧菌或真菌的二重感染，动物中兔易发，忌用。皮肤粘膜感染时的局部应用，易引起对该药的过敏反应和耐药菌的产生，宜慎用。